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Projet de recherche

ZOOCAM (PEPR PREZODE)

Identification, caractérisation et circulation de pathogènes potentiellement zoonotiques en Camargue (Delta du Rhône)

Porteur du projet

Frédéric THOMAS UMR 5290 MIVEGEC

Financeurs

ANR France 2030 - PEPR PREZODE (Preventing Zoonotic Diseases Emergence)
à partir de 2024
jusqu'à 2029

Résumé : La Camargue (Delta du Rhône, France) est un écosystème tempéré propice à l’émergence et à la propagation de maladies zoonotiques. Face à ce défi, alors que l’opérationnalisation de l’approche One Health s’est surtout concentrée sur les régions tropicales et intertropicales, une Zone Atelier Santé-Environnement-Camargue du CNRS est en cours de construction. L’ambition est de fédérer la recherche en santé-environnement en Camargue selon une approche intégrative et interdisciplinaire pour apporter des réponses concrètes aux acteurs locaux. Le projet ZOOCAM vise à répondre aux questions suivantes :

1) Quelle est la dynamique des agents zoonotiques circulants/émergents en Camargue ?

2) Quels sont les facteurs humains et environnementaux qui influencent la diffusion des agents zoonotiques ?

3) Les risques zoonotiques actuels et émergents peuvent-ils être modélisés/prédits ?

4) Comment le risque est-il perçu par les acteurs locaux ?

ZOOCAM se structure en plusieurs « Work Packages » (WP) dédiés à des aspects spécifiques de la recherche. 

Le WP1, mené par Fred Thomas et Pierre Becquart (MIVEGEC), se concentre sur l’étude des virus de mammifères en Camargue, notamment ceux présents chez les chauves-souris, et sur l’établissement d’une cartographie génomique de ces virus. L’objectif est de comprendre quels virus pourraient potentiellement se transmettre à l’homme et de suivre leur évolution dans le temps. Les recherches incluent également un élargissement à d’autres mammifères locaux, comme les ragondins ou les fouines, afin de mieux appréhender les vecteurs zoonotiques dans la région.

Le WP2, dirigé par Olivier Rey (IHPE), s’intéresse aux trématodes, des parasites présents dans les milieux aquatiques, qui ont des conséquences sanitaires importantes pour les humains et les animaux domestiques. Bien que ces parasites soient encore mal connus, les recherches menées dans le cadre de ZOOCAM visent à mieux anticiper les maladies liées aux trématodes dans un contexte de changements environnementaux, notamment en raison de l’anthropisation croissante et de l’usage de pesticides dans les rizières camarguaises.

Le WP3 mené par Karen McCoy (MIVEGEC) explore les liens entre la pollution par les microplastiques et la capacité vectorielle de certains organismes, comme les moustiques, les tiques et les mollusques d’eau douce, sur le littoral méditerranéen. L’objectif est d’analyser comment ces polluants peuvent influencer la propagation des maladies à travers ces vecteurs biologiques, une approche innovante qui pourrait ouvrir de nouvelles perspectives en matière de gestion environnementale et sanitaire.

Le WP4 du projet ZOOCAM piloté par Emanuel Fronhofer (ISEM) se concentre sur la modélisation des risques associés aux zoonoses. L’objectif principal est de prédire l’évolution des maladies zoonotiques en fonction des dynamiques écologiques et des interactions entre les espèces animales et leur environnement. Le WP4 vise également à intégrer ces résultats dans une perspective de gestion sanitaire, en fournissant des outils et des recommandations aux acteurs locaux, pour anticiper et prévenir les risques liés aux zoonoses, tout en favorisant une approche durable de la biodiversité.

En effet, les ambitions du projet ne s’arrêtent pas à la recherche fondamentale. ZOOCAM souhaite également intégrer ses résultats dans des actions concrètes en faveur de la gestion territoriale et de la santé publique. La question de la co-construction des savoirs avec les acteurs locaux est un pilier essentiel du projet, mis en œuvre au niveau du WP5 dirigé par Raphaël Mathevet (CEFE). En effet, la gestion des zoonoses ne peut se limiter à une approche scientifique ; elle nécessite d’impliquer les usagers du territoire, qu’il s’agisse des agriculteurs, des gestionnaires des espaces naturels, ou des populations locales. La complexité des interactions entre biodiversité, santé et société appelle des réponses concertées, dans lesquelles la science participative joue un rôle crucial. Un effort particulier est fait pour sensibiliser les acteurs locaux aux risques zoonotiques, tout en soulignant l’importance de préserver la biodiversité et de bénéficier des services écosystémiques qu’elle offre.

Enfin, le projet ZOOCAM se distingue par sa dimension interdisciplinaire et collaborative, abordée dans le WP6 piloté par Aurélie Binot (MSH Sud). Bien que les différents WP aient été construits de manière relativement indépendante, il y a une volonté forte de décloisonner, avec un effort pour construire un cadre épistémologique commun entre chercheurs issus de disciplines variées, comme la biologie, l’écologie, et les sciences humaines et sociales (SHS). Les liens entre les WP seront progressivement renforcés, notamment autour des stratégies d’échantillonnage, ou encore à travers les interactions entre les modèles vectoriels étudiés dans le WP3 et les analyses de risques sanitaires du WP4.

Un aspect clé de ZOOCAM est son ancrage territorial. La Camargue, par sa biodiversité et ses zones humides, est un territoire particulièrement propice à l’étude des interactions santé/environnement, avec un observatoire en écologie de la santé et la Tour du Valat (TdV), un centre de recherche pionnier dans la conservation des zones humides qui joue un rôle central dans la coordination des recherches sur le terrain. Dans le projet, ce WP transverse est piloté par Marion Vittecoq (TdV). Grâce à cette dynamique locale, ZOOCAM bénéficie d’une connaissance approfondie du terrain et de solides collaborations avec les acteurs régionaux.

ZOOCAM cherche ainsi à éviter une vision réductrice où la nature serait perçue uniquement comme une source de dangers sanitaires. Au contraire, le projet vise à montrer que la biodiversité, si elle est bien gérée, peut être un atout pour la santé publique. Cette approche nécessite un dialogue constant entre scientifiques et acteurs locaux, notamment pour trouver des solutions durables qui permettent de réduire les risques sanitaires tout en préservant les écosystèmes. Par exemple, l’implication du WP5 et du WP6 dans la communication et la coordination des résultats scientifiques avec les dynamiques sociales de terrain est une dimension clé de ce processus.

En conclusion, ZOOCAM s’impose comme un projet majeur dans la recherche sur les zoonoses et la santé environnementale en Camargue. Sa force réside dans son approche interdisciplinaire, son ancrage territorial fort et sa volonté de coconstruire des solutions avec les acteurs locaux, en renforçant les liens entre la science, la société et la gestion durable de la biodiversité.

Un défi majeur réside dans la capacité des acteurs du projet à décloisonner leurs approches entre WP et à intégrer les connaissances hétérogènes qui seront produites.

Auteurs : Frédéric Thomas (Extraits projet), Aurélie Binot (Extraits Draft de récit).

Les Thèses, Post-doc et Stages Master

Stage Master 2
Stage ZOOCAM (WP4 – 2025) 2

Stage ZOOCAM (WP4 – 2025) 2

Projet ZOOCAM

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Master 2 en lien

Ce stage s’est intéressé à la biodiversité des mares temporaires méditerranéennes à partir d’analyses d’ADN environnemental, en ciblant les bactéries et les eucaryotes. L’étude a révélé que les facteurs comme la salinité, la température, et l’impact humain influencent la diversité selon l’échelle spatiale. En revanche, aucun lien clair n’a été trouvé entre biodiversité et décomposition de la matière organique. L’analyse spatiale s’est montrée pertinente, mais la télédétection n’a pas permis de détecter efficacement les hydro-périodes. Ces résultats soulignent l’importance d’approches spatialisées et intégratives pour mieux comprendre ces écosystèmes vulnérables.

Stage Master 2
Stage ZOOCAM (WP4 – 2025) 1

Stage ZOOCAM (WP4 – 2025) 1

Projet ZOOCAM

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Master 2 en lien

Ce stage explore les risques zoonotiques en Camargue à travers l’étude de la diversité des pathogènes, parasites et vecteurs (PPV) dans différents milieux. L’analyse met en évidence l’influence de facteurs environnementaux (température, salinité, usage des sols, impact humain) sur la distribution des PPV. Certains agents pathogènes notables comme Coxiella burnetii ont été détectés. Les résultats soulignent aussi l’intérêt d’un suivi futur de la résistance aux antimicrobiens. Cette recherche contribue à mieux anticiper les risques sanitaires dans cette zone à forts enjeux écologiques et agricoles.

(Stage du 06/01/2025 au 27/06/2025)

Stage Master 2
Stage TransCam 2025

Stage TransCam 2025

Projet TRANSCAM

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Master 2 en lien

Ce stage vise à documenter les transitions écologiques en Camargue. Il repose principalement sur deux axes méthodologiques : l’analyse bibliographique et la réalisation d’entretiens semi-directifs. Il a commencé par une revue approfondie des littératures scientifiques et grises afin d’actualiser les connaissances sur les dynamiques de transitions écologiques. Cette phase permet également d’identifier les démarches et politiques publiques associées. Ensuite des entretiens avec des acteurs locaux seront menés pour recueillir leurs représentations, motivations et expériences concernant les transitions en cours. Ces entretiens seront intégralement retranscrits et analysés qualitativement. Ce travail demande une posture réflexive et interdisciplinaire. Cela contribuera ainsi à une meilleure compréhension des trajectoires territoriales et des moyens de les mesurer. Ce stage permet également de renforcer les capacités du projet à structurer une base de recherche pour un suivi à long terme des transitions.

Actualité du projet