Soutenance de la thèse d’Océane RIEU : Circulation et diversité génétique des coronavirus chez les chauves-souris du Sud-Est de la France

>  Mardi 2 décembre 2025 à 14h.
Amphithéâtre des Plantes – IRD Montpellier
Lien Zoom pour assister à la soutenance

Une recherche au cœur des enjeux One Health

La Zone Atelier santé-environnement Camargue a le plaisir de vous inviter à la soutenance de thèse intitulée « Circulation et diversité génétique des coronavirus au sein de populations de chauves-souris du Sud-Est de la France ».

Ce travail a été mené au sein de l’UMR MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs : Écologie, Génétique, Évolution et Contrôle) et préparé dans le cadre de l’École Doctorale CBS2.

Dirigée par Éric Leroy (IRD) et co-dirigée par Frédéric Thomas (CNRS), cette thèse explore la diversité et la circulation des coronavirus chez les chauves-souris vivant dans les régions de Camargue et de Provence.

Les résultats obtenus apportent un éclairage nouveau sur la présence et la dynamique de ces virus dans des milieux tempérés, où interagissent faune sauvage, activités humaines et élevages.

À partir de 785 échantillons de guano collectés entre 2022 et 2023 grâce à des méthodes non invasives, les analyses ont révélé une prévalence élevée (19,6 %) de coronavirus, avec une forte variation selon les espèces et les sites étudiés.

Les études phylogénétiques ont permis d’identifier plusieurs sous-genres d’Alphacoronavirus, principalement chez les chauves-souris des genres Pipistrellus et Myotis, sans détection de séquences proches de virus humains connus.

Un suivi approfondi mené en Camargue a conduit à une découverte inédite : la détection d’un Merbecovirus (genre Betacoronavirus, qui inclut le MERS-CoV) chez Pipistrellus pipistrellus.

Il s’agit de la première détection en France de ce type de virus, dont le génome complet a pu être séquencé et comparé à des souches européennes déjà connues.

Vers une meilleure prévention des risques zoonotiques

Au-delà des résultats scientifiques, cette thèse s’inscrit dans une démarche One Health, intégrant les interactions entre santé humaine, animale et environnementale.

Une consultation d’experts menée dans le cadre de cette thèse a mis en évidence plusieurs priorités pour renforcer la prévention des épidémies à venir :

• développer une surveillance intégrée entre espèces et territoires,
• harmoniser les protocoles de collecte et d’analyse,
• favoriser le partage des données entre acteurs,
• garantir des financements durables pour la recherche et la formation,
• clarifier les responsabilités institutionnelles entre environnement, santé, agriculture et collectivités.

Ces propositions, fondées sur les observations de terrain en Camargue, dessinent une feuille de route concrète pour consolider la surveillance des zoonoses en France et en Europe.

Composition du jury :

• Nathalie Chazal, Professeure des Universités, CNRS (France) – Présidente
• Noël Tordo, Professeur, Institut Pasteur (République de Guinée) – Rapporteur
• Michel Gauthier-Clerc, Directeur de recherche, Université de Genève (Suisse) – Rapporteur
• Nathalie Charbonnel, Directrice de recherche, INRAE (France) – Examinatrice
• Bernard Davoust, Docteur vétérinaire, Aix-Marseille Université (France) – Examinateur
• Audrey Arnal, Chargée de recherche, IRD (France) – Examinatrice
• Éric Leroy, Directeur de recherche, IRD (France) – Directeur de thèse (invité)
• Frédéric Thomas, Directeur de recherche, CNRS (France) – Co-directeur de thèse (invité)